虽然都是4挂架，但不同于挂架大小相同的轰-6G，轰-6M的内外侧挂架大小不同，外侧挂架主要用于挂载各类吊舱，而加强的内侧挂架除了能挂载KD-63/KD-88这类空地导弹之外，还可以挂载更为巨大的长剑-20空射巡航导弹。在轰-6K成熟之前，轰-6M也长期作为长剑-20的测试平台。