进入90年代，轰-6生产了一定数量的新机，这批飞机外观上最大的特点是取消了已经无用的7门23mm自卫航炮，内部增加了GPS导航系统，增加了投弹精度。同时部分旧机也进行了这类改装，但未取消航炮。这些飞机分别被称为轰-6F（上）和轰-6E（下）。
