日本防卫大学学生被编为5个大队，每大队有4个中队，每中队有3个小队。学生的管理，主要是在指导教官的指导下，由学生自己管理，以便提高学生组织指挥能力。学生会是学生组织，成立于防卫大学建校初始，分为运动部和文化部。运动部负责组织学生的各种体育活动，如足球、剑术、体操等；文化部负责学生的文化娱乐活动，如组织演讲、音乐欣赏、书法比赛等。