1940年冬天，日本侵略者集中兵力，在华北地区进攻中国共产党领导的解放区和八路军、新四军，同时在华南地区对国民党的进攻转入收缩状态，并加紧对蒋介石诱降。蒋介石乘机掀起了第二次反共高潮，强令在长江南北和黄河以南坚持抗战的新四军、八路军，在一个月内全部撤到黄河以北。中国共产党拒绝了这种无理要求，揭露了蒋介石的反共阴谋，并号召全国人民提高警惕，随时准备应付突发事变。同时，中国共产党为了顾全大局，也做了必要的让步，决定将皖南新四军撤到长江以北。

1941年1月4日，驻皖南的新四军军部、教导团和三支队共9000多人，在叶挺、项英率领下，由泾县云岭启程北上。1月6日，当部队到达茂林地区时，突然遭到国民党7个师8万多人的包围袭击。在叶挺军长指挥下，新四军指战员奋起自卫，英勇抗击，激战7昼夜，终因寡不敌众，弹尽粮绝，除约两千人突围外，大部分壮烈牺牲。副军长项英临危动摇，遭反革命分子杀害，军长叶挺被敌人扣押。这就是震惊中外的“皖南事变”，也是国民党掀起的第二次反共高潮。

“皖南事变”发生以后，周恩来怀着非常悲愤的心情，写下了“千古奇冤，江南一叶；同室操戈，相煎何急!?”的诗句，发表在《新华日报》上，向国内外揭露蒋介石制造“皖南事变”的真相。1月20日，中央军委发布重建新四军军部的命令，任命陈毅为代理军长，刘少奇为政治委员，张云逸为副军长，赖传珠为参谋长，邓子恢为政治部主任，并将陇海路以南的八路军、新四军共计9万多人，统一整编为7个师和一个独立旅。

国民党发动的第二次反共高潮，从1940年10月20日前后开始，到“皖南事变”达到最高峰，经过中国共产党在军事上和政治上的坚决斗争，到1941年3月上旬被击退。