意识到核武器的重要性后，罗斯福于1941年6月签署8807号总统令，成立“科学研究和开发办公室”（OSRD），其下辖的S1铀委员会后来制订了著名的曼哈顿工程。同年10月9日，罗斯福批准核研发项目。1942年6月17日，罗斯福批准了9000万美元的初始研发资金，同年8月13日，曼哈顿工程正式启动，后在超过30个城市和地区展开。图为参与工程的美国及加拿大境内的关键设施分布图，左小图为曼哈顿工程非官方标志，右小图为官方标志。